病毒性疾病是绿壳蛋鸡苗生产中最主要的威胁。在已经发生的传染病中以病毒性传染病最多，占传染病总数的70%一75%，造成的损失也最大。在规模化养鸡生产中，病毒性疾病的发生越来越严重，控制难度越来越大，新的疫病又不断出现。目前，对养鸡场构成主要威胁的病毒性疾病有禽流感(Al)、新城疫(ND)、马立克病(MD)、传染性支气管炎(IB )、传染性喉气管炎(ILT)、传染性法氏囊病(IBD )、产蛋下降综合征(EDS )、传染性贫血(CIA)、传染性脑脊髓炎(AE)、网状内皮组织增生症(RE)、禽白血病(AL)、病毒性关节炎(VA)等。    

      细菌性疾病和寄生虫病的危害也在加大。随着集约化养五黑绿壳蛋鸡苗场的增多和规模的不断扩大，环境污染越来越严重，细菌性疾病和寄生虫病明显增多，如慢性呼吸道病(CRD)、大肠杆菌病、鸡白痢、传染性鼻炎(IC)、球虫病、住白细胞虫病等。其中，不少病原体广泛存在于养鸡环境中，可通过多种途径传播。由于词养密度过大、通风换气条件差、各种应激等不利因素，使得鸡只的抵抗力降低，直接导致了其对致病菌易感性增强。更为重要的原因是多重耐药菌株的普遍存在，诸多抗菌药物都难以奏效，使得某些鸡场因细菌性疾病造成的损失高达30%。