我国五黑鸡苗防疫体系不健全，如条例法规不配套，没有实行国家兽医体制，疫病诊断、预警和检测体系不完善，对重大疫情的扑灭机制不建全等，导致执法不严，防疫检疫不力，隐瞒疫情，难以及时发现疫情、封锁疫点、消灭疫源，而造成疫病广泛流行，生物安全不能.有效实施。疏于管理，影响生物安全效果。我国种畜禽业宏观调控不力，管理不严，种畜禽场的环境质量差，引种检疫不严格;畜禽群净化不彻底甚至不净化，使下一代场和商品场污染严重;生物制品和兽药生产未实行GMP化，生物制品未使用SPF胚，也会造成禽群污染，都会影响生物安全效果。对动物的舒适、安宁、福利重视程度差。

       在发达国家，五黑绿壳蛋鸡苗福利已经提到议事日程上来，欧盟计划逐步取消蛋鸡笼养计划，并对平养蛋鸡的密度也做出规定6现阶段，我国的养殖体系中，包括养殖水平较高的规模化养殖场，在饲养管理、制度建设以及现在谈到的生物安全措施(假使已经建立)，却较少考虑动物的福利问题。 生物安全涉及建筑性生物安全措施、观念性生物安全措施和操作性生物安全措施等方面。包括环境控制，人员控制，家禽生产群的控制，饲料饮水的控制，对物品设施和工具的清洁与消毒处理，垫料及废弃物污物处理，药物预防与疫苗接种等七方面。